第二章
舞臺來到未來世界，夏目要出去街上看有沒有被妖怪騷擾需要偵探團説明的。コマさん-狛太郎有事要拜託夏目，先去偵探團通常的集合地點公園看看吧。
出門就遇到“怪傑超人”被一頭發光的小狗嚇到了，這小狗可能是コマさん-狛太郎派過來的，先跟著。
跟著地圖提示來到コマさん-狛太郎面前發生劇情，原來發光的小狗是コマさん-狛太郎的靈體，專門負責帶路的（有時候也會找到妖怪或者寶物的隱藏地點），在地圖上按“上鍵”即可開啟或者關閉帶路功能，然後按“左鍵”可以指定自由指定目標地點（按Y調出地圖可以標記目的地，然後按“左鍵”設定帶路去哪個標記，這裡注意將目的地設為家裡，以後用得上）。
聊完小狗接著聊正事-妖怪扭蛋，本以為コマさん-狛太郎是要夏目幫忙扭蛋（其實人家用嘴巴都能將硬幣放進去啦），但其實是扭蛋機出故障了，想夏目用手錶掃來看看。
掃描扭蛋機發現扭蛋機被“妖氣污染”了，要解除污染狀態只需要和對戰中吸取對方妖氣的辦法一樣，按住ZR將妖氣吸走即可。操作方式就是按住ZR，讓妖氣槽接近最高點再按Y即可，操作得越好遇到的妖怪會越稀有（這裡暫時妖氣污染還不會攻擊，但是以後需要按ZL來彈回；另外有時候故意不按ZL也可以掉進去妖氣污染遇到某些特定妖怪）。
吸走扭蛋機的妖氣後發現是只妖怪，破壞扭蛋機所以大家只好教訓他了（“怪傑超人”自動上場）。
對戰中按右手柄的小十字鍵可以暫停對戰查看雙方資料（L鍵我方、R鍵敵方），右下角的選項分別是選定目標、調用道具、交換隊員等，在這個介面還能按左手柄的“-”鍵來投降。
將妖怪擊敗後搶回扭蛋幣，地縛貓就跑了，但是“怪傑超人”只想一直呆在夏目身邊，接著コマさん-狛太郎講搶回的扭蛋幣送給了夏目。
接著就是扭蛋教程，每天最多只能扭蛋30次（每天隨機變化總次數），並且每次扭蛋會自動封存（不存在SL大法），幣除了購買DLC、做任務、還能在野外找到（雖然野外找到的幣都很差）。
扭蛋好了經コマさん-狛太郎提醒趕緊去公園找偵探團了，但是路上遇到剛轉校過來的酒吞君（轉校生都有點來頭）。由於他還沒什麼朋友所以想和夏目一起玩，但是偵探團可不能隨便帶人所以夏目給婉拒了。之後的對話中，維斯帕有夏目要走桃花運的預感，“怪傑超人”表示自己一直想和夏目約會（妄想）。
來到公園與偵探團其他成員會合（因為遲到被訓要守時），附近有3件怪異事件，對話中得知強力手錶可以使用憑依召喚讓上級妖怪變身，アキノリ手錶都沒有但自封為團長。接下來可以與トウマ互換來操作。
接下來開啟任務模式，任務分為委託任務和劇情關鍵任務，與街上頭頂帶問號的人對話可接受委託解決事件，接受任務後長按L可以自動調出提示該任務的目的地方便找到任務目標（但是這個提示也不是萬能的會受天氣、時間等的影響，要注意）。
1、妹子這裡有個任務，是要調查ギヨロメ男的正體，對話並接受任務後按X調出任務選項選中以後可以調出地圖提示。
跟著提示來到目的地，原來コマさん-狛太郎散步途中感到牆上有奇怪的氣息，夏目用手錶掃了以後發現奇怪的標誌，之後“怪異超人”出現，原來這個標誌都是怪異超人的傑作，為了守護夏目，這傢伙還在四面八方都弄了這些標誌。為了不給其他人造成麻煩，要消除這些標誌就必須用手錶掃出來才行，接下來可以在地圖上找出這種標誌然後與怪異超人換取獎品。事件解決
接著發生劇情，酒吞君和洞潔對話，似乎覺得人間界太過於和平安寧，來這裡幾個月了，發現滿大街都是低級妖怪，按這樣“計畫”進行應該沒有問題了。跟著出現另一個妖怪フクロウ，原來他要尋找出生在人間界的公主（空手而歸挨駡），而公主留下的鬼櫻花，說明鬼族的公主一定在人間等待著復活。看來低級妖怪的暴走與フクロウ使的“矢”有關。
解決完標誌事件後第二天大家回到公園，接著討論下一個怪異事件，維斯帕表示隨著解決怪異事件的增加會更厲害的妖怪進行戰鬥的可能也在增加，所以需要更多的妖怪夥伴增強實力。這就需要“魂カツ”的服務（其實就是四代的抓怪新系統，對戰中獲得魂，用魂生成妖怪），詳細需要到附近的コロズマート向工作人員討教。
跟著地圖提示來到“魂カツ”的工作人員處，發生劇情。“魂カツ”是專門為妖怪提供的“將妖怪的魂進行交換”服務，為了入手魂，首先要在對戰中對妖怪使用“魂スイトール”就可以獲得該妖怪的魂。
接著會進行針對初學者的體驗對戰，再次與其對話即可。進入對戰後當妖怪頭上出現こんす い（有讀秒，要注意把握時機）提示時，靠近妖怪按A就可以對妖怪使用“魂スイトール”，然後長按ZR進行“魂スイトール”，妖怪的魂分為白、赤、金三個等級（金為最高級）。
戰鬥過後夏目擔心抽出魂以後妖怪是不是就死了，但是魂猴解釋被抽出的魂還會復活，所以不必擔心。
以後要找魂猴得去“魂カツ相談所”找他了（按X也能調出該功能），門出現後調查門進入可以再次遇到魂猴，這裡是他原本的工作場所，與他對話後可以進行首次魂カツ（首次免費），之後拿到魂都可以來這裡花錢進行妖怪強化（還可以對道具進行強化哦），在系統選項裡也會新增魂功能按鈕，另外還會入手交換按鈕，利用這個可以與朋友進行魂和妖怪的交換（網路交換功能、以後再測試了）。
2、自行車事件
接著調出任務按鈕，找到另外兩個沒解決的任務將提示調整，下一個任務與自行車妖怪有關，來到任務所在地接受任務。原來小孩遇到的自行車妖怪，會在街道上徘徊並發出“反正我是沒用的自行車”“神仙讓我生在自行車太對不起了”，由於看起來不恐怖的弱妖怪，小孩還想把它找出來（朋友吐槽：為啥就那麼想找出妖怪呢）。雖然妖怪聽起來很弱，但是為了兩個小孩還是跟上去看看。
跟上小孩後為了保護他們的安全アキノリ只好騙他們在公園出現了自行車妖怪的蹤影，小孩走開後就在附近找自行車妖怪的蹤跡吧。
跟著提示來到自行車擺放的樹下，大家一起研究自行車時談到夏目還沒有自己的自行車呢，其他人都有過自己的自行車了，閒談完先調查自行車吧。
在自行車附近掃描到自行車妖怪，這真是個自卑的自行車怪，覺得自己與別人對話的價值都沒有，對話中忽然它被黑色的東西射中就暴走了（看來是酒吞君手下的フクロウ搞鬼），嚷著人類不能相信要殺掉夏目幾個。
將其擊敗之後自行車怪各種道歉反省（就算再怎麼憎恨人類也不應該做這樣的行為等等），原來這傢伙是自行車們的怨念產物：自行車們本著為人類服務和讓人類前往更遠大的世界的理想卻被拋棄在了樹下日曬雨淋，雖然它們各種殘破但是修修還能用啊，為何就~結果由此產生的欲念越來越強就暴走了，夏目忽然想到可以修理這些自行車幫助它們（入手破爛自行車兩輛）。
跟著提示回到家與爸爸對話，將自行車交給爸爸維修，之前他剛修過ケースケ的自行車，畫面轉到門口，爸爸一會兒就修好了一台，朋友們各種誇獎並承諾和夏目是最好的夥伴，接著爸爸要休息一下交給夏目錢去買雪糕。
來到上圖便利店
進入後與店員對話將四種雪糕（70-330）每種買一個即可
買完雪糕回去找爸爸，四個人將雪糕分掉吃完後繼續修理自行車。爸爸修完自行車後回去屋子裡了，由於アキノリ自己有自行車（借給老奶奶了），所以這兩台自行車就分給了其他倆人，自行車妖怪也加入成為夥伴。至此自行車事件解決
然後又有劇情，蛇王カイラ發現人間界有異樣，似乎要發生什麼大事，可能與妖怪手錶持有者有關，接著前往人間界留下兩個妖怪留守。
3、大家接著解決怪異事件，但是トウマ還在為不能憑依不動明王而煩惱。
第三個事件是タプタプ池的食人草事件，在タプタプ池有專門襲擊男子的植物，這種植物會等人靠近才會忽然現身襲擊。タプタプ池就在おうぎ公園附近，這位小哥哥在池子邊走著忽然就被襲擊了，由於池子比較大三個人調查會比較難，詳細諮詢得知原來是池子的排水口附近的樹叢（棧橋一樣的位置）。
來到目標草叢，眼看沒什麼異樣（隱約可以看到一個妖怪），但是掃描後發現妖怪（這樣子真的跟想像的一模一樣啊），話不多說直接進入戰鬥。
將其打敗後妖怪恢復原樣-パックン（好可愛的樣子），原來它襲擊人類是為了保護在它成為妖怪之前一直照顧它的女性（之前是食蟲植物），但是某天忽然有根黑色的箭射向那位女性，它以為黑箭是蟲子直接給吃了。之後黑化，把所有靠近女性的男性都當作害蟲襲擊，雖然還不知道為何會有黑箭射向女性，但食人草事件總算解決了，パックン也加入成為夥伴。自稱夏目的守護騎士的“怪異超人”忽然出現（還24小時守護夏目呢），被パックン當害蟲咬了一口，2333。
フクロウ回去向酒吞君報告今天還是沒有找到公主的線索（原來它今天就是被偵探團阻礙了呀），接著フクロウ請纓要去除掉夏目（酒吞君：找公主沒戲，讓人類消失應該能做到吧），接著酒吞君對フクロウ進行強化後警告如果這次辦不成就該消失了。
第二天大家一起研究這幾個事件，似乎有些非偶然因素，正在討論時聽到一陣慘叫。
往旁邊走去看到ケースケ（弟弟），對話中得知他們遇到了可疑的影子，接下委託後繼續調查吧，小孩子則讓他們留在原地了。
跟著提示往前走會撿到一個帶有妖氣的“胃”，大夥兒一起商量回去找マナミ防止她被襲擊並看如何找出可疑影子的正體。
對話中大家商量好，由マナミ引出犯人（偵探團負責保護妹子的安全）（從對話得知妹子喜歡人體模型，可能這跟學校的人體模型有關）。
接著到公園與ケースケ對話後進入劇情，果然引出一個黑影往龍見川方向跑了（這裡需要進任務選項打開提示）。
跟著提示一路往前走，找到肝臟、腸、心臟，找到心臟後在附近的發現很強的妖氣，用手資料表掃描可以找到“妖氣污染”（這裡按住ZR以後，要利用ZL來進行防禦）。
將“妖氣污染”清除後找到妖怪ジンタ（人體模型），這傢伙居然喜歡マナミ（難道人體模型就不能喜歡人嗎？ジンタ問的），為了讓他告白避免一直跟著マナミ，夏目決定約上マナミ在學校前讓他有機會告白。
跟著提示來到學校操場找到マナミ，對話後進入劇情，在學校待了50年的人體模型向マナミ告白，雖然覺得人體模型會說話很厲害，不過マナミ還是發了一張好人卡。收到好人卡的人體模型雖然哭不出來（沒眼淚啊！），還被黑箭射中（フクロウ本想射マナミ來著），成了BOSS。
第一次打敗BOSS後他還會繼續站起來，這時トウマ的手錶終於有反應了，重新進入對戰後按X+A可以變身為不動明王，接下來站著削BOSS就行。
戰鬥後人體模型恢復原樣，マナミ上前解釋大概模型君喜歡的是マナミ的奶奶吧。原來當年マナミ的奶奶經常去理科室和模型說話，模型君的名字ジンくん也是奶奶給起的。經過提醒，模型君想起奶奶的事情並恢復了生氣，雖然被拒絕還是挺慘的。模型君離開後マナミ表示以後還是要去理科室和模型說話（哈哈）。至此事件解決
正當大家為事件得到解決而高興時，フクロウ出現瞬間將眾人“按在地上摩擦”，還好蛇王出現救了大家。原來蛇王是繼エンマ的魔王之位的現役魔王呀，維斯帕上前一頓拍馬屁。自從打敗鬼仙之後大家都好久沒見了，這次蛇王感覺到人間界有危機所以出現，但是能拯救人間界的也只有偵探團的眾人。
原來蛇王成為魔王之後，在魔界的書庫找到預言書，上面記載著打敗鬼王后鬼族的黑影籠罩人間，黑影的怨念令日月無光，使世界墮入無盡的深淵；而奪回世界之光明的是從門裡出來被選中的使用魔導鏡的守護者；守護者和妖魔的羈絆使得世界充滿光明。在大災難沒發生前蛇王聚集夥伴肯定能對抗邪惡，因此偵探團會在蛇王的全力協助下拯救世界。首先要找出剩餘的夥伴，使用新的傳說的手錶的話應該能找到新的夥伴，總而言之先向門出發吧（猜測是夏目的爸爸，至於預言為何意還要見到主角才能知道）。
