《帝國時代3》原版戰役一反前作宏大歷史敘事的風格，改為敘述一個普通歐洲家族來到新大陸後的生活和經歷，以和一個虛構的尋寶集團藏骨集團的鬥爭為主線。遊戲在探險故事中插入了些許歷史史實，比如第一關奧斯曼土耳其歷史上就曾經進攻過馬耳他騎士團國，而且最後在西歐國家的幫助之下保住了馬耳他島。還穿插了英法的七年戰爭，玻利瓦爾起義等等。
第一幕：鮮血
16世紀，馬耳他騎士摩根布萊克和騎士團團長艾倫率領部隊反擊土耳其人的進攻，戰爭中無意得到一個遠在加勒比海的青春之泉的信息。擊退土耳其人後，摩根和艾倫帶領騎士跨越大西洋來到美洲，期間和女海盜莉絲的海盜艦隊相遇並得到其幫助，到達新大陸後他們幫助阿茲特克人抵抗西班牙人進攻等等，後來卻發現艾倫背叛騎士團，和邪惡的藏骨集團勾結控制了青春之泉。摩根和同樣來到新大陸的土耳其人合作，摧毀了青春之泉。
第一關：突圍
第二關：進入洞穴
第三關：海盜！
第四關：奧斯曼堡壘
第五關：阿茲特克神殿
第六關：海盜的援助
第七關：西班牙尋寶艦隊
第八關：青春之泉？
結尾：可能的未來
第二幕：寒冰
摩根的孫子約翰，也許也是莉絲的孫子，來到美國東北部的易洛魁人聚居地，和易洛魁人坎勇凱一同抵抗英國軍隊和切洛基人的進攻，擊敗英國人後卻瞭解到英國軍官沃裡克背叛了軍隊，與藏骨集團勾結，並殺害了叔叔史都華。約翰和坎勇凱一路追殺沃裡克到美國西部的落基山脈，在當地土著幫助下消滅了沃裡克的勢力，卻發現俄羅斯人從太平洋東邊來到美國進攻殖民地，約翰指揮礦工炸燬山谷阻止了俄羅斯人，自己也和沃裡克同歸於盡。幾天後，諾娜凱生下了自己與約翰的兒子耐薩尼奧。
第一關：保衛殖民地
第二關：奇怪的同盟關係
第三關：營救
第四關：七年戰爭
第五關：大湖區
第六關：尊重
第七關：沃裡克的要塞
第八關：讓山嶽倒下
結尾：父親的犧牲
第三幕：鋼鐵
耐薩尼奧的女兒艾米利亞成為獵鷹公司的管理者，在競爭中得到了在墨西哥邊界修建鐵路的機會。在和墨西哥的西班牙人的鬥爭中他們遇到了法國勘探者波曼，後來卻發現他是藏骨集團的核心。艾米利亞、坎勇凱和庫珀上校一路追擊波曼，期間庫珀被波曼殺害，艾米利亞的人馬一路來到南美洲的安第斯山脈，保護殘留的印加文明遺蹟，並幫參加了南美解放者玻利瓦爾的解放戰爭，最後他們來到古巴哈瓦那，在美國政府海軍的援助下摧毀了藏骨集團的總堡壘並消滅了波曼，得到了西班牙征服者留下的黃金。
第一關：鐵道
第二關：保護堡壘
第三關：藏骨集團的藏身處
第四關：消失的西班牙黃金
第五關：玻利瓦爾起義
第六關：穿越安第斯山脈
第七關：最後的印加城市
第八關：藏骨集團的最後時刻
結尾：償還
《帝國時代3：酋長》戰役中按照歷史，以美國歷史上的真實故事設計了易洛魁人和蘇族人的戰役，雖然仍然以布萊克家族的人物為線索，但他們的故事卻是在歷史上真實發生過或有原型的事件，相比原版戰役顯得真實了不少。而阿茲特克人的戰役在帝國時代2中已經存在，而且在《帝國時代3》原版戰役中阿茲特克也已經出現在了戰役之中，故沒有在本戰役中出現。
第一幕：火焰
故事的主人公是前作中的易洛魁人坎勇凱的侄子也就是艾米利亞的父親耐薩尼奧。美國獨立戰爭中，曾經強大而團結的易洛魁部族發生分裂，一部分幫助英軍戰鬥，另一部分則幫助美國人進行獨立戰爭。戰役中耐薩尼奧與華盛頓並肩作戰，與英國人艱苦鬥爭，參加了薩拉托加戰役、約克鎮戰役等一系列美國獨立戰爭中的著名戰役，為美國獨立立下功勛。
但是戰役卻隱瞞了一些史實：歷史上獨立戰爭中更多易洛魁人幫助英軍作戰，而華盛頓為了報復則派兵進攻易洛魁村莊，大肆燒殺搶掠，所到之處盡成焦土。耐薩尼奧這樣的人或許確實存在，但是很多人卻忘了即使美國的國父也有這樣不光彩的往事。
第一關：戰鬥之舞
第二關：營救
第三關：布里德山
第四關：穿越特拉華河
第五關：薩拉托加
第六關：佛吉峽谷
第七關：莫里森鎮戰役
第八關：約克鎮戰役
結尾：獨立戰爭
第二幕：陰影
故事的主人公是艾米利亞的兒子查伊頓。19世紀，查伊頓繼承了母親的公司，和荷姆警長一同在美國西部修建鐵路，期間和蘇族人一再發生衝突。後來美國人在蘇族的聖地黑山發現黃金，查伊頓幫助荷姆進攻蘇族人並開採黃金，但在戰爭中查伊頓逐漸認識到白人的貪婪無恥和背信棄義，最終堅決地選擇了反抗，加入蘇族部落消滅了荷姆的勢力，並在瘋馬酋長的帶領下參加歷史上著名的小大角河戰役，全殲卡斯特將軍的第七騎兵團。
蘇族人是大平原上的遊牧部落，也是人類歷史上最後一個馬背上的民族。他們為了反抗白人的侵略所做的一系列鬥爭以及小大角河戰役都是歷史上真實發生過的事件，雖然最終沒有改變被白人奴役的命運，但他們的鬥爭精神仍然值得敬佩。
第一關：博茲曼小徑
第二關：紅雲戰爭
第三關：佔領
第四關：有埋伏！
第五關：轉折點
第六關：信任
第七關：小大角河戰役
結尾：蘇族
相比於酋長戰役來源於美國歷史，亞洲三國的戰役則更能體現出遊戲設計者對亞洲國家的歷史文化的理解。
中國戰役
鄭和下西洋是中國歷史上的著名事件，近幾年有些學者認為鄭和的艦隊曾經發現新大陸，這個戰役的靈感正是由此而來，既有歷史背景，又不乏幽默的想像力。永樂皇帝的侄子王晉海帶領都指揮黃堅修建龐大壯觀的尋寶艦隊，卻走錯航線來到了美洲大陸。黃堅和船員們和美洲的阿茲特克人戰鬥，後來又發現王晉海擁兵叛亂，並與部分當地土著結盟自立為王反抗朝廷。黃堅帶領船員消滅了晉海的軍隊，隨後離開了美洲，清除了自己來到此地的一切痕跡，從此再也沒有回來。
第一關：危險的啟航
第二關：登陸沙灘
第三關：失落的尋寶船
第四關：荒野營救行動
第五關：沒有永遠的帝國
結尾：滄海桑田
日本戰役
16世紀是日本歷史上戰亂頻仍的年代，也是大變革開始的時代。吉郎將軍自小成為孤兒，被德川家康撫養長大，並和鳥居元忠一起為德川家康戰鬥，爭奪日本的統治者地位。然而後來他卻瞭解到，自己的父母正是被德川殺害。痛苦的吉郎將軍仍然幫助德川參加了關原之役，為德川統一日本立了功，隨後離開了德川家康；而鳥居元忠則選擇剖腹自殺以報答德川。
第一關：圍攻大阪城
第二關：暴動！
第三關：佔領要塞
第四關：伏見城最後一戰
第五關：關原之役
結尾：戰利品
印度戰役
印度劇情戰役則完全取材於歷史上印度莫臥兒帝國在19世紀發起反抗英國人殖民統治的第一次獨立戰爭。納尼普中衛是受僱於東印度公司的印度兵，期間印度人的反抗已經此起彼伏，納尼普幫助英國人鎮壓反抗，但隨後英國人發給印度兵塗有豬油和牛油的彈藥包，則徹底激怒了印度兵，納尼普率領印度人反抗，擊斃了愛德華森上校。
第一關：前進旁遮普
第二關：加爾各答之火
第三關：抵抗！
第四關：德里突襲行動
第五關：對峙
結尾：炙熱的靈魂
