深灰市
剛進來會遇到勁敵，他會送傷藥讓主角前往挑戰道館。
在這裡可以學到知識：非自id的寶可夢依然會有經驗加成並且受徽章限制控制等級；和巴大蝶一起走的話還可能撿到各種道具
左上角有個照看呆呆獸的任務，會獲得大珍珠（看來這個是每日任務）
右上角有個要砍樹才能進入的屋子，以後利用袈裟斬進入可以和右上角的研究員對話獲得“秘密琥珀”，用於復活化石翼龍
往上來到博物館，花50元即可進入參觀（付款後即使沒進入博物館內就走出門外也算參觀過，再次進入還要付費）
友好商店：這一作有噴霧和香水，噴霧用於讓野生寶可夢不再遇到，而香水則會使得稀有寶可夢更容易出現，是常用道具，在這裡開始可以進行購買（有錢的話）

深灰市寶可夢道館
進入時門衛會要求檢查隊伍裡是否有草屬性或者水屬性的寶可夢（我抓的是喇叭芽），如果沒有則強制退出門外（這個應該是為皮卡丘版設置的，伊布版學了二連踢可以一路踢完道館）。打敗小剛館主可以獲得灰色徽章，得到招式學習器01“頭錘”。

10000光年的梗還在。

獲得徽章後走出道館會遇到青綠（皮卡丘版則是另外一位了），獲得5個超級球

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