在獲得7個道館徽章之後前往常青市的道館，會發現館主常年不在。劇情發生之後與勁敵一同回到寶可夢研究所問大木博士具體的原因，之後Green就會跳出來送你一個鑰石與4個MEGA石，之後就可以在戰鬥中進行MEGA進化。這一作PM沒辦法攜帶道具，所以不需要攜帶MEGA石，只要身上有就能MEGA進化。
| 進化石 | 獲得方式 |
| 妙蛙花 | 劇情獲得 |
| 噴火龍X | 劇情獲得 |
| 噴火龍Y | 劇情獲得 |
| 水箭龜 | 劇情獲得 |
| 大針蜂 | 通關後，在寶可夢聯盟邊上的石屋裡購買 |
| 大比鳥 | 通關後，在寶可夢聯盟邊上的石屋裡購買 |
| 胡地 | 通關後，在寶可夢聯盟邊上的石屋裡購買 |
| 呆河馬 | 通關後，在寶可夢聯盟邊上的石屋裡購買 |
| 耿鬼 | 通關後，在寶可夢聯盟邊上的石屋裡購買 |
| 袋獸 | 通關後，在寶可夢聯盟邊上的石屋裡購買 |
| 凱羅斯 | 通關後，在寶可夢聯盟邊上的石屋裡購買 |
| 暴鯉龍 | 通關後，在寶可夢聯盟邊上的石屋裡購買 |
| 化石飛龍 | 通關後，在寶可夢聯盟邊上的石屋裡購買 |
| 超夢X | 捕捉超夢之後，在華藍洞與小藍戰鬥並勝利後獲得 |
| 超夢Y | 捕捉超夢之後，在華藍洞與小藍戰鬥並勝利後獲得 |
