對決不同於對峙，對峙對付的基本上都是沒有名的雜兵，不用特別在意贏了多少場對峙。在一些主線劇情、傳承任務中遇到的敵人裡，會進入一對一的決戰，這時候在螢幕上方還會出現敵人的血槽，這種性質的戰鬥就叫對決。在對決之中不但敵人的生命值會遠遠高於普通雜兵，也不能使用忍具進行攻擊，比較考驗技術。以下是全對決列表一覽：
| 對決 | 任務 | 備註 |
| 古賀泰平 | 天之一刀 | 傳承任務 |
| 楓 | 忠賴的傳說 | 傳承任務 |
| 天狗惡鬼 | 內經的詛咒 | 傳承任務 |
| 將領春典 | 未竟之事 | 支線任務 |
| 龍三 第一次 | 武士之影 | 主線任務 |
| 仁六 | 榮譽的背後 | 支線任務 |
| 將領加多爾 | 解放小川道場 | 佔領據點 |
| 遣川怨靈 | 遣川的複仇怨靈 | 傳承任務 |
| 康正 | 深陷泥沼的決鬥 | 小次郎的六把刀 |
| 鐵木哥 | 遣川戰鬼 | 主線任務 |
| 廣常 | 在彼岸花中決鬥 | 小次郎的六把刀 |
| 友次 | 狂濤海浪的決鬥 | 小次郎的六把刀 |
| 兼友 | 秋葉之下的決鬥 | 小次郎的六把刀 |
| 清親 | 瀑布之下的決鬥 | 小次郎的六把刀 |
| 即時 | 無辜盜賊 | 支線任務 |
| 小次郎 | 神光映照的決鬥 | 小次郎的六把刀 |
| 阿勒坦 | 血書 | 結奈的支線任務 |
| 政子 | 共謀者 | 政子夫人的支線任務 |
| 龍三 第二次 | 來自黑暗 | 主線任務 |
| 別頭丸 | 長明之焰 | 傳承任務 |
| 道格辛大將 | 擊殺道格辛大將 | 佔領據點 |
| 巴爾圖大將 | 擊殺巴爾圖大將 | 佔領據點 |
| 赫通汗 | 永恆蒼穹 | 主線任務 |
| 志村大人 | 志村大人的故事 | 主線任務 |
